许多非洲国家在独立后选择首都时受到殖民时代的影响，但事实上他们几乎没有选择。当西方殖民者进入非洲时，与宜居的气候或靠近优质矿藏的地方相比，他们选择的定居点只不过是港口运输的需要。因此，赤道几内亚将首都设在马拉博，这是历史的必然和无奈。简单地说，20世纪60年代赤道几内亚获得自治后，几乎没有其他选择，因此殖民者留下的土地被用作首都。

赤道几内亚的首都以前不叫马拉博，但葡萄牙人在殖民时期叫福尔摩沙，西班牙人以伊莎贝尔女王的名字命名伊莎贝尔。自治后更名为马拉博。

1472年，葡萄牙航海家试图找到一条通往印度的新航线，遇到了被他称为“福尔摩沙”的奥科岛。福尔摩沙在拉丁语和葡萄牙语中都是“美丽”的意思，意思是“美丽的土地”。后来，该岛以其发现者费尔南多的名字命名。

16世纪初，特别是1507年，葡萄牙人首次试图在费尔南多定居。建立了一个工厂来开发和种植甘蔗，但由于当地土著人民的敌意和各种疾病，工厂的建设失败了。随后，该岛被移交给西班牙统治，并逐渐发展成为与非洲大陆进行贸易的中转站。后来，由于国内问题，西班牙对赤道几内亚失去了兴趣，并授权联合王国将赤道几内亚岛用作基地，以镇压奴隶贸易。

西班牙于1855年再次接管该岛，并将更名为圣伊莎贝尔岛，以纪念西班牙女王伊莎贝尔二世。马拉博是奥科岛上最后一位土著酋长的名字。